Dans les cas mentionnés à l'avant-dernier alinéa de l'article L. 123-4, le montant de la soulte est fixé par référence à la superficie de la parcelle d'apport et du type de production réalisé sur celle-ci. La soulte prend en compte notamment la perte de revenu, la perte d'accès au marché des produits biologiques et la perte des aides accordées au titre de l'agriculture biologique.
Le versement de la soulte au bénéficiaire est assuré par le département sur décision des commissions d'aménagement foncier, au plus tard dans les deux mois suivant le transfert de propriété résultant de la clôture des opérations.