Le directeur de l'agence centrale des organismes de sécurité sociale est nommé par décret rendu sur le rapport du ministre chargé de la sécurité sociale et du ministre chargé du budget après avis du président du conseil d'administration de l'organisme concerné. Le directeur nomme, le cas échéant, un ou plusieurs directeurs délégués, directeurs adjoints et sous-directeurs.
Les opérations de recettes et de dépenses de l'agence centrale des organismes de sécurité sociale sont effectuées par un agent comptable nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la sécurité sociale.