Le directeur scientifique est nommé par le président du conseil d'administration. Il veille à la définition et à la coordination des actions de l'agence en matière scientifique. Il assiste aux réunions du conseil scientifique et en assure le secrétariat.
Il présente au conseil d'administration le rapport sur l'état des connaissances scientifiques et techniques mentionné à l'article R. 131-13.