Les fonctions de président ou de membre du comité de bassin ne donnent pas lieu à rémunération.
Le remboursement des frais de déplacement et de séjour des membres ainsi que des personnes appelées à siéger avec voix consultative est effectué selon les modalités prévues par le décret n° 2006-781 du 3 juillet 2006 fixant les conditions et les modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements temporaires des personnels civils de l'Etat.