Le budget de l'agence est proposé par le directeur et voté par le conseil d'administration.
Il est établi en section de fonctionnement et en section d'investissement, tant en recettes qu'en dépenses.
Le budget de l'agence est présenté par chapitres et articles, conformément à la nomenclature par nature établie par arrêté conjoint du ministre chargé des collectivités locales et du ministre chargé du budget. Cet arrêté fixe également la liste des chapitres et des articles.