Les frais d'hébergement sont forfaitaires, payables par trimestre et d'avance.
Lorsque, au cours d'un trimestre, l'hébergement n'est pas assuré, lorsqu'un élève hébergé est absent pendant plus de deux semaines pour raison médicale ou familiale dûment justifiée, des remises d'ordre peuvent être demandées par les familles, en remboursement des frais versés.
Pour les demi-pensionnaires, le conseil d'administration, sur proposition du chef d'établissement, peut autoriser le paiement "au ticket". Le prix des repas payés "au ticket" peut être supérieur à celui qui résulte de l'application du forfait.
En cas de défaut de paiement des frais scolaires, le chef d'établissement peut prononcer l'exclusion de l'élève du service d'hébergement. Toutefois, dans les établissements où cette mesure pourrait entraîner l'exclusion totale de l'élève, et notamment dans les établissements qui reçoivent des pensionnaires, la décision est prise par l'autorité de tutelle sur rapport du chef d'établissement, après avis du conseil d'administration.