Afin d'assurer la protection des eaux de surface et la lutte contre la pollution en application de l'article L. 211-1, les orientations du schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux prennent en compte les dispositions des arrêtés du ministre chargé de l'environnement fixant les modalités et délais de réduction progressive et d'élimination des déversements, écoulements, rejets directs ou indirects respectivement des substances prioritaires et des substances dangereuses dont ils dressent la liste.
Lorsque cela est nécessaire pour atteindre le bon état des eaux prévu au IV de l'article L. 212-1, le schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux définit des objectifs plus stricts de réduction ou d'élimination en indiquant les raisons de ce choix.