Le projet d'établissement ou du service établi après consultation du conseil de la vie sociale ou d'une autre instance de participation instituée conformément à l'article L. 311-8 fixe les objectifs pédagogiques, éducatifs et thérapeutiques de l'établissement ou du service ainsi que les modalités de leur réalisation et de l'évaluation de leurs résultats. Il comprend notamment le projet pédagogique de l'unité d'enseignement. Ce projet est adopté par le conseil d'administration et porté à la connaissance de la tutelle.
Le projet d'établissement prévoit un emploi du temps équilibré des enfants ou des adolescents avec, éventuellement, et selon les directives des équipes médicale, pédagogique et éducative, les modifications adaptées au projet individualisé d'accompagnement défini pour chaque jeune.
Afin notamment de faciliter le maintien des liens familiaux, le règlement de fonctionnement de l'établissement détermine les périodes de vacances. Il précise en outre les modalités et les horaires de retour de l'enfant dans sa famille ou les conditions de visite des parents dans l'établissement ou le service.