Le comptable de l'établissement public est un comptable public de l'Etat nommé par le préfet après avis conforme du directeur départemental des finances publiques.
Les dispositions des articles L. 1617-2, L. 1617-3 et L. 1617-5 du code général des collectivités territoriales sont applicables à l'établissement public. Celui-ci est, en outre, soumis à la première partie du livre II du code des juridictions financières.