Le nombre de d'enseignants affectés à des fonctions de référent pour la scolarisation des élèves handicapés est arrêté annuellement par le directeur académique des services de l'éducation nationale agissant sur délégation du recteur d'académie, en tenant compte de critères arrêtés nationalement, dont notamment le nombre d'élèves handicapés devant faire l'objet d'un suivi.
Le secteur d'intervention des enseignants référents est fixé par décision du directeur académique des services de l'éducation nationale agissant sur délégation du recteur d'académie. Il comprend nécessairement des écoles et des établissements du second degré, ainsi que les établissements de santé ou médico-sociaux implantés dans ce secteur, de manière à favoriser la continuité des parcours de formation.
Les enseignants référents sont affectés dans l'une des écoles ou l'un des établissements scolaires de leur secteur d'intervention et placés sous l'autorité d'un ou plusieurs inspecteurs ayant reçu une formation spécifique pour la scolarisation des élèves handicapés, désignés par le directeur académique des services de l'éducation nationale agissant sur délégation du recteur d'académie.