L'agent comptable du Centre national d'enseignement à distance est nommé, sur proposition du directeur général, par arrêté des ministres chargés de l'éducation, de l'enseignement supérieur et du budget.
Le Centre national d'enseignement à distance est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.