Pour chaque formation qualifiante, l'organisation des enseignements théoriques et de la formation pratique est placée, dans chaque interrégion, sous la responsabilité d'un enseignant coordonnateur, désigné pour une période de quatre ans par les directeurs d'unité de formation et de recherche (UFR) d'odontologie de l'interrégion.
Pour les formations communes à la médecine et à l'odontologie, l'enseignant coordonnateur est désigné par les directeurs d'UFR de médecine et d'odontologie de l'interrégion. Cette responsabilité est assurée alternativement par un enseignant des UFR de médecine et un enseignant des UFR d'odontologie.