Les instituts du travail sont dirigés par un directeur élu à la majorité des membres composant le conseil.
En qualité d'ordonnateur secondaire de droit, le directeur d'institut passe, au nom de l'établissement et pour le compte de son unité, tout contrat ou convention dont l'exécution est prévue dans le budget de l'institut. Il peut, par délégation du président de l'université, signer les contrats et conventions n'entrant pas dans ce cadre.