Il est créé une commission de coordination des INSA ayant pour mission de proposer des actions communes et d'en assurer le suivi et l'évaluation. Elle comprend le président du conseil d'administration, le directeur et un représentant des trois conseils de chacun des établissements. Elle est présidée par chacun des présidents des INSA, désignés par roulement selon un ordre défini par tirage au sort, pour un mandat de deux ans.
Elle se réunit sur convocation de son président. Les secrétaires généraux assistent aux réunions.