La commission procède à l'instruction des réclamations et à l'examen des observations dans les formes qu'elle détermine. Elle statue par une seule décision sur toutes les réclamations formées contre une même opération dans le délai de six mois à compter de l'expiration du délai de réclamation fixé au second alinéa de l'article R. 121-6. Cette décision est régulière dès lors que plus de la moitié des membres de la commission ont participé à l'ensemble des séances d'instruction et sont présents lors de la délibération finale.
Les décisions de la commission départementale sont notifiées aux intéressés, au président du conseil départemental et au préfet.