L'agence est administrée par un conseil d'administration composé de quatre représentants de l'Etat et de trois personnalités qualifiées, désignées en raison de leurs compétences en matière de logement, d'audit ou d'évaluation des politiques publiques.
La composition du conseil d'administration de l'agence favorise la parité entre les femmes et les hommes. Un décret fixe les conditions dans lesquelles est assurée cette parité.
Le président du conseil d'administration de l'agence est nommé par décret.
L'agence est dirigée par un directeur général nommé par arrêté du ministre chargé du logement.