Le comité de direction du Fonds national de cautionnement des achats des produits de la mer comprend :
1° Le directeur de FranceAgriMer ou son représentant, qui le préside ;
2° Un représentant du ministre chargé du budget ;
3° Un représentant du ministre chargé des pêches maritimes et de l'aquaculture marine ;
4° Un représentant de chaque collectivité territoriale participant à la dotation, pour les décisions qui concernent les opérateurs agréés dans les ports situés sur son territoire.
Le comité se prononce à l'unanimité.