L'Institut national de l'origine et de la qualité est dirigé par un directeur nommé dans les conditions fixées par le décret en Conseil d'Etat prévu à l'article L. 640-3.
Le directeur exerce notamment les compétences dévolues à l'institut par les 2°, 4°, 5° et 11° de l'article L. 642-5. Il rend les avis sollicités de l'institut pour la protection des aires de production délimitées.
Le directeur exerce, également, la compétence dévolue à l'institut par le 10° de l'article L. 642-5, après avis du conseil compétent en matière d'agréments et de contrôles.