La Caisse de garantie du logement locatif social est soumise aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Le plan comptable est conforme au caractère de société de financement de la caisse.
Un arrêté conjoint du ministre chargé du logement, du ministre chargé de l'économie et du ministre chargé du budget fixe le règlement comptable et financier de la caisse.