Par dérogation aux dispositions de l'article 3 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, la chambre d'agriculture est soumise aux dispositions des titres Ier et III de ce même décret, à l'exception du 1° et du 2° de l'article 175 et des articles 178 à 185, 204 à 208 et 220 à 228.
L'agent comptable est nommé par la chambre d'agriculture sur proposition du directeur départemental des finances publiques ; il perçoit une rémunération fixée par la chambre d'agriculture, dans les limites arrêtées conjointement par le ministre de l'agriculture et le ministre du budget.