Le président du conseil d'administration est nommé par décret sur proposition conjointe du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé de l'outre-mer, après consultation des membres du conseil d'administration.
Son mandat prend fin en même temps que celui des membres du conseil d'administration consulté pour sa nomination.
En cas de vacance du poste de président ou en cas d'empêchement de celui-ci, la présidence du conseil est assurée par l'un des représentants des ministres chargés de l'agriculture ou de l'outre-mer.