Le fonctionnement de la commission territoriale de l'agriculture, de la pêche et de l'aquaculture de Saint-Barthélemy est régi par les dispositions des articles 8 et 9 du décret n° 2006-665 du 7 juin 2006 relatif à la réduction du nombre et à la simplification de la composition de diverses commissions administratives et par celles des articles R. 133-3 à R. * 133-15 du code des relations entre le public et l'administration. La commission élabore son règlement intérieur.
Le secrétariat de la commission est assuré par les services du représentant de l'Etat.