Le contrôle s'exerce sur pièces ou sur place. L'organisme ou la personne contrôlée est averti du contrôle sur place, dont il fait l'objet, avant l'engagement des opérations.
Les personnels chargés du contrôle ont accès à tous documents, justificatifs ou renseignements. L'agence peut étendre ses investigations aux sociétés et organismes dans lesquels l'organisme détient une participation directe ou indirecte ainsi qu'aux sociétés détenues majoritairement et de façon conjointe par cet organisme et d'autres organismes.
Les personnels chargés du contrôle sur place peuvent, dans l'intérêt exclusif de ce contrôle, consulter, dans les bureaux des entrepreneurs ou architectes ayant traité avec des organismes soumis à ce même contrôle, tous documents comptables, contrats, copies de lettre, pièces de recettes et de dépenses.