Pour les installations exploitées par l'Etat, le financement de la commission est assuré par le ministre en charge de ces installations.
La commission de suivi de site peut faire appel aux compétences d'experts reconnus, notamment pour réaliser des tierces expertises, par délibération approuvée à la majorité des membres présents ou représentés. L'intervention de l'expert est réalisée sans préjudice des dispositions prévues à l'article L181-13 du code de l'environnement et relatif à l'analyse critique d'éléments du dossier d'autorisation.