Un commissaire du Gouvernement, nommé par arrêté du ministre chargé de la protection de la nature, est placé auprès de l'établissement. Il est suppléé en cas d'absence ou d'empêchement par un commissaire adjoint désigné selon les mêmes modalités.
Le commissaire du Gouvernement reçoit les convocations adressées aux membres du conseil d'administration et du bureau et siège avec voix consultative à toutes les réunions de ces instances ainsi qu'à celles des commissions qu'ils ont constituées. Il peut demander l'inscription de questions à l'ordre du jour du conseil d'administration.
Il reçoit, dans les conditions qu'il fixe, copie des délibérations du conseil d'administration et, s'il le demande, des décisions prises sur délégation de ce conseil.