L'employeur est remboursé mensuellement par l'Etat des salaires maintenus en application de l'article L. 1453-6 ainsi que de l'ensemble des avantages et des charges sociales correspondant qui lui incombent.
Lorsque l'horaire de travail est supérieur à la durée légale, la charge des majorations pour heures supplémentaires est répartie entre l'Etat et l'employeur. Cette répartition est réalisée proportionnellement au temps passé par le défenseur syndical respectivement au sein de son entreprise et dans l'exercice de sa fonction d'assistance.