L'office est soumis au régime financier et comptable défini par le titre Ier du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Un document annexe au budget retrace respectivement les opérations de fonctionnement et d'intervention de l'office de développement agricole et rural de Corse.
Un agent comptable est nommé par arrêté du ministre chargé du budget après avis du conseil d'administration. Il est mis fin à ses fonctions dans les mêmes conditions. Il exerce ses fonctions dans les conditions prévues pour les agents comptables mentionnés par l'article L. 1617-1 du code général des collectivités territoriales.
Des régies de dépenses et de recettes peuvent être créées dans les conditions fixées par le décret du 7 novembre 2012 susmentionné.
L'office est soumis au contrôle de la chambre régionale des comptes.