Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de l'agence soit sur proposition de son président, de ses membres, ou du directeur, soit sur l'initiative du ministre chargé de la sécurité sociale ou du ministre chargé du budget.
Il autorise le directeur à négocier et conclure les transactions d'un montant supérieur à un seuil qu'il détermine.
Le conseil d'administration établit le règlement intérieur de l'agence.
Il prend les décisions nécessaires à l'application de l'article L. 225-1 et des textes pris pour son exécution.
Il délibère sur les matières pour lesquelles son intervention est expressément prévue aux termes du titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. Il délibère également sur le rapport annuel du directeur relatif au fonctionnement administratif et financier.
Le conseil d'administration peut désigner des commissions et leur déléguer une partie de ses attributions dans les mêmes conditions que celles définies à l'article R. 224-3.