A l'issue de la procédure nationale de choix, les internes sont affectés par arrêté du directeur général du Centre national de gestion publié au Journal officiel de la République française. Les internes en médecine sont affectés dans une subdivision et une discipline. Les internes en odontologie sont affectés dans une interrégion, une spécialité et un centre hospitalier universitaire. Les internes en pharmacie sont affectés dans une interrégion, une spécialité et un centre hospitalier universitaire.
Les affectations semestrielles sont prononcées par le directeur général de l'agence régionale de santé.
Les internes sont rattachés administrativement par décision du directeur général de l'agence régionale de santé à un centre hospitalier universitaire, selon des modalités fixées par un arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé.
Les internes sont nommés par le directeur général du centre hospitalier universitaire auquel ils sont rattachés administrativement.