Lorsque la commission départementale de la nature, des paysages et des sites ou le conseil scientifique régional du patrimoine naturel a émis un avis défavorable, la décision est prise par le ministre chargé de la protection de la nature après avis du Conseil national de la protection de la nature.
Dans ce cas, le préfet transmet le dossier de demande au ministre, avec l'ensemble des avis recueillis et en informe le demandeur. Le silence gardé par le ministre pendant quatre mois à compter de la réception de la demande d'autorisation vaut décision de rejet.