Les membres du comité consultatif sont nommés pour cinq ans. Leur mandat peut être renouvelé. Les membres décédés ou démissionnaires et ceux qui, en cours de mandat, cessent d'exercer les fonctions en raison desquelles ils ont été désignés sont remplacés. Dans ce cas, le mandat des nouveaux membres expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin celui des membres qu'ils remplacent.
Le comité est présidé par le préfet ou son représentant. Le préfet maritime ou son représentant en assure la vice-présidence lorsque la réserve naturelle s'étend sur les eaux territoriales ou sur le domaine public maritime. Il se réunit au moins une fois par an sur convocation de son président.