Une convention passée entre le ministre chargé du logement et l'agence fixe les conditions dans lesquelles les services du ministère apportent leur concours à l'agence, notamment pour l'instruction et le traitement des dossiers de demande d'aides à l'amélioration du parc privé, d'opérations de lutte contre l'habitat indigne et d'opérations d'amélioration d'établissements d'hébergement.
Cette convention définit notamment les modalités de traitement et d'instruction des dossiers de demandes d'aides par les services instructeurs.