Sous réserve des dispositions de l'article R. 123-50-1, la compétence pour retirer l'agrément des personnels mentionnés à l'article R. 123-48 appartient au responsable du service mentionné à l'article R. 155-1. Toutefois pour les directeurs comptables et financiers, cette compétence est exercée conjointement avec le directeur départemental ou, le cas échéant, le directeur régional des finances publiques du département du siège de l'organisme concerné.
Le retrait d'agrément peut être prononcé après que l'intéressé et l'organisme qui l'emploie ont été, par la communication des motifs de la mesure envisagée, mis à même de présenter leurs observations.
Le retrait d'agrément entraîne de plein droit cessation des fonctions pour lesquelles l'agrément avait été accordé.