Dans la mesure où la nature et le degré de handicap des élèves le permettent, les établissements qui ont passé avec l'Etat un contrat simple préparent les élèves aux examens officiels et organisent l'enseignement par référence aux programmes et aux règles générales relatives aux horaires de l'enseignement public.
Un tableau fixant pour chaque année scolaire l'organisation des services d'enseignement est soumis à l'approbation du recteur d'académie, qui reçoit également communication du projet éducatif de l'établissement.