L'Office français de la biodiversité anime le réseau des aires marines protégées françaises et contribue à la participation de la France à la constitution et à la gestion des aires marines protégées décidées au niveau international.
A cette fin, il peut se voir confier, après accord de son conseil d'administration, sur proposition du ministre chargé de l'environnement, la gestion directe d'aires marines protégées. Il apporte son appui technique, administratif et scientifique aux autres gestionnaires d'aires marines protégées et suscite des projets d'aires marines protégées afin de constituer un réseau cohérent.