Les comptes de la fédération départementale sont établis suivant le plan comptable applicable aux associations de droit privé régies par la loi du 1er juillet 1901 relative au contrat d'association.
L'exercice comptable commence le 1er juillet et se termine le 30 juin.
L'ensemble des opérations directement rattachées à la prévention et à l'indemnisation des dégâts causés aux cultures et aux récoltes agricoles par le grand gibier fait l'objet d'une section dédiée en comptabilité qui retrace les flux financiers d'un compte bancaire autonome, dans les conditions précisées à l'article R. 426-1.
L'ensemble des opérations directement rattachées au fonds prévu au quatrième alinéa de l'article L. 421-14 fait l'objet d'une section dédiée en comptabilité qui retrace les flux financiers.