Lorsque plusieurs éco-organismes sont agréés pour une même catégorie de produits, les cahiers des charges peuvent leur imposer de mettre en place, selon les modalités qu'ils précisent, un organisme coordonnateur, qui est agréé pour une durée de six ans renouvelable, par les ministres chargés de l'environnement et de l'économie. Il est doté d'un censeur d'Etat chargé d'exercer les missions prévues au III de l'article L. 541-10.
Le cahier des charges peut notamment prévoir que cet organisme est chargé de répartir les zones géographiques du territoire national sur lesquelles chacun de ces éco-organismes est tenu de pourvoir ou de contribuer à la gestion des déchets issus de ces produits. Les obligations mentionnées aux articles R. 541-103 à R. 541-106 s'appliquent, dans ce cas, à chacun de ces éco-organismes sur la zone géographique qui lui est attribuée par l'organisme coordonnateur.