Le président du Conseil national de l'économie circulaire est nommé par arrêté du ministre chargé de l'environnement parmi les membres titulaires.
Deux vice-présidents peuvent être désignés parmi les membres titulaires par le ministre chargé de l'environnement. Ils suppléent le président en cas d'absence de celui-ci.
Le secrétariat du Conseil national de l'économie circulaire est assuré par la direction générale de la prévention des risques du ministère chargé de l'environnement, qui associe les autres membres mentionnés au 1° du I de l'article D. 541-2 à la préparation des réunions du conseil.