Une commission d'harmonisation des notes de contrôle continu est mise en place dans chaque académie, en Polynésie française et en Nouvelle-Calédonie. Cette commission prend connaissance des notes des évaluations ponctuelles et des notes figurant dans les livrets scolaires des candidats, s'assure qu'il n'existe pas de discordance manifeste entre ces notes et procède si nécessaire à leur harmonisation. Les membres de la commission peuvent procéder à des contrôles de copies. La composition et les modalités de fonctionnement de cette commission académique sont fixées par arrêté du ministre chargé de l'éducation nationale.
La composition et les modalités de fonctionnement de la commission d'harmonisation des notes de contrôle continu pour la série STAV sont fixées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture.