Des arrêtés conjoints du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé de l'économie et des finances fixent les conditions d'indemnisation des propriétaires dont les animaux ont été abattus sur l'ordre de l'administration, ainsi que les conditions de la participation financière éventuelle de l'Etat aux autres frais obligatoirement entraînés par l'élimination des animaux. Toute infraction aux dispositions du présent titre et aux règlements pris pour leur application, qui a contribué à la situation à l'origine de l'abattage des animaux, peut entraîner la perte de tout ou partie de l'indemnité. La décision appartient au ministre chargé de l'agriculture, sauf recours à la juridiction administrative.
Le ministre chargé de l'agriculture peut accorder aux exploitants qui en font la demande, en vue du diagnostic, de la prévention et du traitement des maladies des animaux, de l'élimination des animaux malades, de la réfection du logement des animaux et de l'assainissement du milieu, des subventions dont le montant est déterminé par des arrêtés conjoints des mêmes ministres.