La commission est placée auprès du ministre en charge de la sécurité civile qui en assume les frais de fonctionnement.
Le secrétariat général est assuré par la direction générale de la sécurité civile et de la gestion de crise. Il est chargé notamment de communiquer l'avis prévu au I de l'article L. 125-1-1 au Parlement et au conseil d'orientation pour la prévention des risques naturels majeurs mentionné à l'article L. 565-3 du code de l'environnement.