Le Comité national de l'initiative française pour les récifs coralliens, est placé auprès du ministre chargé de l'environnement et du ministre chargé des outre-mer. Il a pour objectif de promouvoir une politique active, aux niveaux national, régional et local, favorable à la préservation et à la gestion intégrée des récifs coralliens et des écosystèmes associés, dans le cadre du développement durable de la Guadeloupe, de la Guyane, de La Réunion, de la Martinique, de Mayotte, de Saint-Martin, des Terres australes et antarctiques françaises ainsi que de l'île de Clipperton.
Les missions de ce comité sont étendues à Saint-Barthélemy, à Wallis-et-Futuna, en Polynésie française et en Nouvelle-Calédonie, avec l'accord de ces collectivités.
L'initiative française pour les récifs coralliens comporte un Comité national et des comités locaux.