Le bureau du Comité national de l'initiative française pour les récifs coralliens est assuré conjointement par les ministères chargés de l'environnement, de la mer, et des outre-mer, ainsi que par trois représentants des comités locaux, un par océan, désignés par délibération des membres du Comité national de l'IFRECOR pour vingt-quatre mois.
Il propose un règlement intérieur adopté par le Comité national.
Le bureau l'initiative française pour les récifs coralliens a pour missions :
1° De préparer et animer les réunions du Comité national et toute autre réunion nécessaire ;
2° De piloter et suivre la mise en œuvre du programme d'actions quinquennal ;
3° De communiquer sur les actions menées en interne et à l'extérieur de l'initiative française pour les récifs coralliens.