La Haute autorité dispose d'un service chargé de procéder aux enquêtes préalables à l'ouverture des procédures prévues à la section 4 du chapitre Ier ainsi qu'à la sous-section 2 de la section 4 du chapitre II. Ce service est dirigé par un rapporteur général et composé d'enquêteurs habilités par ce dernier.
Les enquêteurs ainsi que toute personne participant à une mission d'enquête sont désignés dans des conditions propres à éviter tout conflit d'intérêt avec les personnes ou entités qui font l'objet de l'enquête.