Le secrétariat de la commission nationale d'indemnisation des dégâts de gibier instruit les demandes selon une procédure écrite et contradictoire. Le réclamant et le président de la fédération départementale ou interdépartementale des chasseurs sont informés qu'ils qu'ils peuvent être entendus par la commission nationale d'indemnisation des dégâts de gibier s'ils en font la demande. Ils peuvent se faire assister ou représenter.
La commission nationale d'indemnisation des dégâts de gibier peut demander aux parties de lui communiquer tous documents utiles à l'instruction du dossier. Elle peut aussi convoquer les personnes de son choix.