Le préfet de région contrôle l'exécution de la convention. L'organisme lui fournit, à sa demande, tout élément permettant de vérifier la bonne exécution de la convention, la réalité des actions mises en œuvre ainsi que leurs résultats.
En cas de non-respect des stipulations de la convention par l'organisme, le préfet de région l'informe par tout moyen donnant date certaine de son intention de résilier la convention. L'organisme dispose d'un délai, qui ne peut être supérieur à un mois, pour faire connaître ses observations.
Le préfet de région peut alors demander le reversement des sommes indûment perçues.