Le président de la fondation est ordonnateur secondaire des recettes et des dépenses de la fondation. Il peut déléguer sa signature à un ou plusieurs membres du bureau. Les comptes sont tenus selon les règles applicables aux comptes des fondations.
Les fonds de la fondation sont déposés et placés dans les conditions prévues à l'article 197 du décret du 7 novembre 2012 mentionné ci-dessus. Des fonds peuvent néanmoins être déposés dans des établissements bancaires ou à la Caisse des dépôts et consignations pour un usage strictement lié à un transit technique ou aux placements des libéralités reçues par la fondation.
L'agent comptable de l'établissement qui abrite la fondation recouvre les recettes et effectue les paiements relatifs aux activités de la fondation.
Le conseil d'administration de l'établissement qui abrite la fondation nomme, après avis du conseil de gestion de la fondation universitaire, au moins un commissaire aux comptes et un suppléant ; ceux-ci peuvent être également le commissaire aux comptes de l'établissement et son suppléant.
Les remises gracieuses et les admissions en non-valeur des créances des fondations sont décidées par le conseil de gestion de la fondation après avis de l'agent comptable. Les dispositions du présent article ne sont pas applicables aux dettes de l'agent comptable.