L'assistant des hôpitaux bénéficie de congés de maladie sur présentation d'un certificat médical, dans la limite d'une durée de douze mois consécutifs pendant laquelle il perçoit pendant les trois premiers mois de ce congé 90 % de la rémunération mentionnée au 1° de l'article R. 6152-514 et la moitié de celle-ci pendant les neuf mois suivants.
Un congé sans rémunération lié à l'état de santé d'une durée de douze mois au maximum peut être accordé à l'assistant des hôpitaux, sur sa demande, après avis du comité médical mentionné à l'article R. 6152-36 lorsque l'intéressé ne peut, à l'expiration de ses droits à congé de maladie, reprendre ses activités pour raison de santé.
A l'expiration des droits aux congés de maladie ou d'un congé sans rémunération lié à l'état de santé, le comité médical se prononce sur l'aptitude de l'intéressé à ses fonctions.