Le budget de l'échelon national, complété des fonds nationaux de prévention des risques professionnels des salariés et non-salariés agricoles, est présenté au conseil central d'administration de la Mutualité sociale agricole par le directeur général de la caisse centrale de la Mutualité sociale agricole.
Il est approuvé par le conseil central d'administration sur proposition du médecin directeur national de la santé et de la sécurité au travail. Le conseil central arrête le budget qui ne devient exécutoire qu'après approbation du ministre chargé de l'agriculture.