Le secrétariat de la commission est assuré par l'une ou l'autre des organisations patronales signataires.
L'organisation patronale en charge du secrétariat désigne à chaque réunion de la commission un secrétaire de séance, choisi parmi ses membres, ayant pour mission d'établir le projet de procès-verbal qui sera soumis pour approbation à l'ensemble des membres de la commission.